有罪不诉如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉的，会有案底。
一、检察院不起诉是不是基本就结案了?
检察院决定不起诉，表明行为人不构成犯罪，司法机关不再追究其刑事责任，除非之后有新的证据证明其构成犯罪；但检察院决定不起诉，并不是代表完全不用承担其他责任，如果涉及行政违法，还要承担行政责任，如果造成他人损失等，还要承担民事赔偿相关责任。
针对刑事方面，因检察院决定不起诉而结案。
《刑事诉讼法》
第十六条依法不追诉原则
有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
【本文关联的相关法律依据】
《刑事诉讼法》第十六条，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(二)犯罪已过追诉时效期限的;
(三)经特赦令免除刑罚的;
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容